Ostatnim, ale zarazem najbardziej tajemniczym jest PAIN. Lider Akatsuki pochodzący z kraju Deszczu. Jako mały chłopiec został osierocony, wraz z innymi dziećmi. Byłby nikim gdyby nie spotkał Jirayi, który wziął ich (Pain, Konan i Yahiko) pod opiekę i zaczął intensywny trening. Jednak śmierć rodziców nie przeszła bez echa, Nagato (bo tak się pierwotnie nazywał) stawał się coraz to bardziej zamknięty w sobie i rodził pewny wstręt do ludzi. Jego ambicje sięgnęły szczytu ,,pragnął ‘pomóc’’ ludziom dojrzeć poprzez ból i cierpienie, gdyż właśnie w taki sposób sam zdobył się na dorosłość. Z czasem czuł się lepszy od boga i uważał, że to on wyprawi sąd ostateczny światu. Założył Akatsuki chcąc łatwiej zdobyć wszystkie istniejące demony.
Pain posiada umiejętność transferowania swojego umysłu do innych ciał, które wcześniej zdobył. Wszystkie te ,,pojemniki na duszę’’ łączy duża ilość kolczyków na twarzy oraz Rinnegan, który jest jego ulubioną techniką. Pain jest jak na razie najpotężniejszą postacią w ,,Naruto’’ jednak czy uczeń przerósł mistrza? Dowiemy się niebawem.
Jego prawdziwe imię to Nagato. Pochodzi z wioski Deszczu (Ame). Podczas wojny z wioską Konoha stracił rodziców, co wywarło ogromny wpływ na chłopca. Wraz z innymi sierotami, Konan i Yahiko, postanowił nauczyć się technik ninja. Ich nauczycielem został Jiraiya. Trening trwał trzy lata. W tym czasie uaktywnił się jego kekkei genkai Rinnegan (oczy Samsary). Poznaliśmy tylko efekty jego mocy: zmasakrowane ciało jednego ninja z Iwagakure. Za młodu Pein był bardzo płaczliwym i nieśmiałym dzieckiem. Czuł się zagubiony, aż do rozmowy z sensei Jiraiya, który mówił mu o dorastaniu. Po jego odejściu, wieści o dzieciach przestały dochodzić do niego i uznał iż nie żyją.
Oryginalnie Pein był długowłosym brunetem z zasłoniętymi przez grzywkę oczyma. Teraz posiada maszynę z sześcioma ciałami, przez którą może transferować swój umysł. Każde z ciał ma inne zadanie. Pierwsze ciało, które pierwotnie należało do Yahiko, służy do kontaktowania się z innymi członkami organizacji oraz potrafi kontrolować pogodę. Ciało z długim końskim ogonem zostało użyte podczas walki. Podczas walki z Jiraiyą zostało wykorzystane do przyzwania licznych zwierząt oraz pozostałych ciał. Grube zostało wykorzystane do zaabsorbowania ataków i obrony. Chude z długimi włosami jest adeptem Taijutsu. Łyse z kolczykami na czubku głowy potrafi wystrzelić własną pięść jak pocisk. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki zostały ukazane, jako "Sześć Ścieżek Peina". Imię Pein jest wspólne dla wszystkich sześciu ciał. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki łączą trzy elementy:
1. Rude włosy;
2. Liczne kolczyki w różnych częściach ciała;
3. Oczy Rinnegan.
Ludzie z Wioski Deszczu uwielbiają i boją się Peina, mimo iż nawet nie wiedzą czy istnieje. Na jego wzór noszą przekreślone opaski. Jedyne co wiedzą, to to, że jakiś czas temu zabił prawowitego przywódcę tej wioski, Hanzou, lecz aby się upewnić, że nikt nie wystąpi przeciwko niemu, zabił też jego rodzinę i przyjaciół (jest to jego serce ostrzy, którego ludzie boją się najbardziej). Ponieważ wszyscy uważają go za boga, sam zaczął się tak nazywać.
