Zorganizowanie:
Akatsuki są podzieleni na drzużyny 2-u osobowe, które po pokoleji wykonują wyznaczone im zadania. Zespoły te uzupełniają się nawzajem swoimi zdolnościami i talentami, aby stworzyć niezwyciężoną parę. Na ich usługach pozostaje kilkunastu agentów, rozsianych po całym świecie.

1. Pierwszy to zebranie potrzebnych na utrzymanie organizacji funduszy.

2. Drugi to złapanie wszystkich bijū, aktualnie w posiadaniu Akatsuki jest siedem z nich

3. Trzeci, polega na wykorzystaniu zdobytych pieniędzy i utworzeniu pierwszej w świecie shinobi „Najemnej Organizacji Wojennej” niezależnej od żadnej z wiosek ninja, która byłaby konkurencyjna względem nich. Oferta kierowana byłaby głównie do mniejszych państw i osad. Początkowo, aby zebrać pieniądze i wyrobić sobie odpowiednią opinie organizacja będzie przyjmować wszystkie zgłoszenia za niewielkie wynagrodzenie. Aby była ona stale niezbędna, większe konflikty będzie wywołać za pomocą kontrolowanych przez siebie bijū. W ten sposób system „wiosek ninja” załamałby się, straciły by one swoje znaczenie, a wraz z nimi państwa, w których się one znajdują, co pozwoliłoby na supremację Akatsuki.

Mimo to Pein ma własny, ukryty plan: zebrać wszystkie bestie i stworzyć z nich ostateczną technikę, którą będzie sprzedawał innym krajom jako broń masowego rażenia. Plan podobny do poprzedniego, różni się od niego zamiarem ludobójstwa, aby pozostałą część ludzkości trzymać w strachu. Poprzez spowodowanie bólu, jakiego on sam doświadczył chce on wskazać bezsens prowadzonych wojen.